Η αρχή της μοναστικής ζωής ξεκινάει με την άφιξη δύο σπουδαίων προσωπικοτήτων αλλά και από τους πρώτες ησυχαστές, ο Πέτρος ο Αθωνίτης και ο Ευθύμιος ο Νέος. Και οι δύο συνέβαλαν σημαντικά στην πρώτη οργάνωση της μοναχικής ζωής και άλλαξαν τα μέχρι τότε δεδομένα.
Το 985, ο αυτοκράτορας Βασίλειος Β’ Βουλγαροκτόνος με χρυσόβουλο απάλλαξε τους μοναχούς από τις ενοχλήσεις που προκαλούσαν οι κοσμικοί και έτσι αφιερώθηκαν με περισσότερο ζήλο στον μοναχισμό.
Ο Αθανάσιος Αθωνίτης ήταν αυτός που έφερε τις μεγαλύτερες αλλαγές στη ιερή χερσόνησο, με ανοικοδομήσεις μεγάλων μοναστηριών, έχοντας την εύνοια και την υποστήριξη του Ιωάννη Τσιμισκή, ο οποίος με το Τυπικό Α’, γραμμένο πάνω σε δέρμα τράγου, υποστηρίζει κάθε κίνηση του Αγίου Αθανασίου.
Κατά την Βυζαντινή Περίοδο, το Άγιο Όρος γνώρισε μεγάλη ακμή, ο ησυχασμός υποστηρίχτηκε από τους βυζαντινούς αυτοκράτορες και ο αριθμός των μοναχών αυξήθηκε κατά πολύ , ενώ απαγορεύεται πια η είσοδος των γυναικών στην μοναστική πολιτεία, κάτι που τηρείται μέχρι και σήμερα.
Κατά την Οθωμανική κυριαρχία η οικονομική κατάσταση των μονών χειροτέρεψε λόγω της βαριάς φορολογίας που επιβλήθηκε από τους Οθωμανούς. Έτσι λοιπόν τα μοναστήρια αδειάζουν και οι μοναχοί αποχωρούν.
Παρόλα αυτά, η ιδέα για την διάδοση της παιδείας χτίζει την Αθωνιάδα Ακαδημία, στην οποία διδάσκονται θεολογία, φιλοσοφία και λογική. Εκεί δίδαξαν μεγάλοι διδάσκαλοι όπως ο Ευγένιος Βούλγαρης, ο Κοσμάς Αιτωλός και πολλοί άλλοι.
Η Επανάσταση της Χαλκιδικής ήταν πραγματικά μία μεγάλη καταστροφή για το Άγιο Όρος. Γυναίκες και παιδιά βρήκαν καταφύγιο στο Άγιο Όρος, όμως τουρκικές στρατιωτικές δυνάμεις σφαγίασαν μοναχούς, γυναικόπαιδα και καταστρέψανε πολύτιμους θησαυρούς.
Στις 2 Νοεμβρίου 1912, το Ελληνικό Ναυτικό απελευθερώνει το Άγιο Όρος με το θωρηκτό «Αβέρωφ» και εντάσσεται πάλι στο ελληνικό κράτος.
Κατά την διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου, η Ιερά Επιστασία ζήτησε από τον Χίτλερ να λάβει το Άγιο Όρος υπό την προστασία του και έτσι οι Γερμανοί κατακτητές δεν ενόχλησαν τις μονές.
Από την δεκαετία του 1970 και μετά παρατηρήθηκε μία νέα αναγέννηση στην χερσόνησο. Πολλοί μοναχοί αναζητούν την ασκητική ζωή στο μοναδικό ζωντανό μνημείο του κόσμου.
